ตามที่กฎหมายกำหนดให้การประกันคุณภาพการศึกษาเป็นส่วนหนึ่งของกระบวนการบริหารการศึกษาของสถาบันอุดมศึกษา และทบวงมหาวิทยาลัยได้ประกาศนโยบายพร้อมทั้งแนวทางปฏิบัติในการประกันคุณภาพ เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2539 เพื่อให้สถาบันอุดมศึกษาได้พัฒนาการศึกษาให้มีประสิทธิภาพและมีมาตรฐานสากล สร้างความเชื่อมั่นให้กับประชาชน ระบบประกันคุณภาพจึงเป็นเครื่องมือในการรักษาคุณภาพของการศึกษา ในสถาบันอุดมศึกษา

มหาวิทยาลัยปทุมธานีได้สนองนโยบายดังกล่าวด้วยการจัดตั้งสำนักงานประกันคุณภาพการศึกษาขึ้น มีผู้อำนวยการสำนักทำหน้าที่รับผิดชอบและกำหนดแนวทางการดำเนินงาน ทำหน้าที่เตรียมความพร้อมและให้ความรู้ในการประกันคุณภาพการศึกษาอย่างต่อเนื่อง นอกจากนี้ยังได้แต่งตั้งกรรมการอีกหลายคณะ เพื่อสนับสนุนกิจกรรมในด้านประกันคุณภาพ